自幼和姐姐离别，现在在儿童福利设施生活的少年星矢，某一天，被称为“小宇宙”的内在力量得以觉醒，他也因此被卷进围绕圣斗士和女神雅典娜的纷争之中。被告知只要成为圣斗士就能知道姐姐的去处的星矢，经过严峻的修行，最终取得天马座的圣衣，向银河战争的会场出发。在那里聚集了同样是完成了圣斗士修行的年轻青铜圣斗士。试图夺取雅典娜的性命的刺客接连出现，星矢等人与圣域的阴谋对抗着。
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